台灣大學海洋研究所目前設置了九個共同實驗室，提供海洋研究上經常使用的核心研究設備與實驗空間，並增進跨研究室、跨組別，甚至是跨系所，跨校之間的合作。歡迎學生與老師因應研究需求，直接與共同實驗室管理者聯繫，了解儀器與空間使用的申請。
設置目的：提供分子生物學相關基礎設備與空間，以促進本所在分子海洋學之研究發展。
重要設備：實驗台，抽風櫃，無菌操作台，4℃與-20℃冰箱，烘箱，半自動DNA純化機，聚合酶鏈鎖反應器，毛細管電泳分析系統，分離核苷酸電泳槽，分離蛋白質電泳槽，核苷酸與蛋白質定量儀，分光光度儀，低速與高速離心機，乾浴槽，負壓潔淨室。
簡介：此實驗室可用於師生操作分子生物學，生物化學，培養細菌等實驗，負壓潔淨室提供乾淨的空間，阻絕環境中的生物汙染，可供純化環境DNA樣本。
設置目的：整合儀器與資源之共同使用，促進本所在海洋地球化學之研究發展及教學需要。
重要設備：元素分析儀、離子層析儀、微樣品切割儀、純水系統、秤樣室、無塵實驗室、潔淨工作檯。
簡介：地化與無塵室實驗室整合各種小型儀器設備，維護 Class 10,000 等級無塵室，提供海洋化學和地球化學分析之研究發展及教學需要。目前具備各種中小型儀器設備，包括：元素分析儀、離子層析儀、微樣品切割儀、鹼度分析儀、純水系統、各等級天平、烘箱、加熱系統、酸純化系統、超音波振盪器、離心機等。無塵室提供地球化學樣品處理的工作空間，共設有抽氣櫃四台、潔淨工作檯六台，局部為無硼設計，並設有更衣室、秤樣室。
海洋是全世界最大的碳儲存庫之一，海洋的碳循環研究在這充滿變動的環境與時代，變得更加重要。這個共同實驗室提供碳化學相關儀器設備與空間，以促進本所在海洋碳化學之研究發展及教學需要。
目前裡面的設備有基本實驗台、抽風櫃、吊櫃、藥品櫃、烘箱、鋼瓶架、純水製造機、無機碳分析儀、酸鹼值測定儀、溶解態有機碳與總氮分析儀等。
設置目的：提升國內海洋地熱量測技術量能、開發臺灣海洋地熱量測儀器、協助及執行海域地熱調查及探勘。
重要設備：高解析海洋地熱溫度計、地熱流量測設備及相關附屬設備，如傾斜儀、校正及檢驗設備等。為因應不同海洋地熱相關調查工作，主要設備包含可量測溫度及熱流之利氏熱探針與四通道小型熱探針，量測溫度之小型熱探針及ROV手持式溫度計，熱導係數分析儀以及井下地熱量測及監測系統。
簡介：地表的熱流量反映了地球生成時的熱能、內部的熱源以及不同時空下的熱量轉移，其又受不同地質構造及物質特性的熱傳導能力差異所影響，因此進行大地熱流研究，不僅有助於暸解地球內部熱源及溫度分佈，也能提供地殼和岩石圏構造演化資訊。而針對海洋資源及能源的探勘，高解析的地熱量測技術更是調查地下流體移棲、評估熱液礦產潛能以及發展地熱能源的關鍵，故如何開發及製作相關設備與技術以及協助取得高解析及高精度的地熱資訊，便是本實驗室的工作重點及服務項目。
